L’épidémiologie moléculaire

Avec la démocratisation des technologies de séquençage, la génomique est devenue un élément clé de la caractérisation des microbes et des maladies infectieuses. L’épidémiologie moléculaire, avec l’étude d’un nombre croissant d’échantillons, offre des instantanés de la diversité au sein des espèces. Les avantages des séquences complètes du génome sont multiples. Tout d’abord, elles permettent une analyse fine des phylogénies d’espèces qui ne sont parfois pas résolues pour certains microbes. Deuxièmement, elles permettent de suivre la dynamique de l’évolution au sein des espèces. À grande échelle, ces dynamiques sont bien illustrées par la propagation d’une succession de variantes de SarsCov2 ou par la propagation de la résistance aux antibiotiques parmi les espèces bactériennes. Mais le séquençage du génome complet peut aussi offrir une résolution suffisamment élevée pour aborder les dynamiques virales ou bactériennes au sein d’un hôpital ou à travers une chaîne de contamination. Troisièmement, l’accès au génome complet donne accès aux éléments fonctionnels de ces microbes et peut aider à identifier les gènes ou les allèles associés à certains succès de clones, qu’il s’agisse de gènes de résistance aux antibiotiques ou de virulence, ou de mutations patho-adaptatives.

Avec un grand nombre d’équipes dont les membres sont directement impliqués dans les laboratoires hospitaliers de virologie, de bactériologie et de parasitologie, le réseau Microb’UP a accès à un grand nombre de souches qui sont séquencées et étudiées en profondeur avec l’approche de l’épidémiologie moléculaire. Sur des organismes allant du VIH à Escherichia coli ou aux sordariales.  Des modélisateurs sont également présents dans le réseau Microb’UP pour intégrer ces données et faire des inférences sur les processus évolutifs en jeu.